Untuk Mata Kuliah Pilihan, pada prinsipnya Program Studi akan membuka mata kuliah yang sesuai dengan perkembangan teknologi saat itu. Beberapa mata kuliah juga sudah disiapkan untuk memperluas wawasan para lulusan (breadth) ataupun memperdalam keilmuan (depth). Mata Kuliah Pilihan yang tersedia saat ini adalah:
| No | Kode | Nama Mata Kuliah |
|---|---|---|
| 1 | IME 234340-03 | Etika Profesi Perekayasa |
| 2 | IME 234341-03 | Topik Khusus Mekatronika I |
| 3 | IME 234342-03 | Topik Khusus Mekatronika II |
| 4 | IME 234343-03 | Kerja Mandiri Terpantau I |
| 5 | IME 234344-03 | Kerja Mandiri Terpantau II |
| 6 | IME 234345-03 | Manajemen Proyek |
| 7 | IME 234346-03 | Lingkungan dan Industri |
| 8 | IME 234347-03 | Fusi Data Multi Sensor |
| 9 | IME 234348-03 | Matematika Diskrit |
| 10 | IME 234349-03 | Sistem Instrumentasi Industri |